Goya no tuvo una fecha de fundación sino un reconocimiento en 1772. Dos años más tarde se la oficializó como posta del camino a Buenos Aires.
El nombre deriva de los antiguos propietarios, el portugués Bernardo Olivera y su esposa la correntina Gregoria (Goya) Morales, quienes instalaron sobre las márgenes del río un almacén- pulpería conocido por el sobrenombre de Puerto de Goya.
Cuenta la historia que Doña Goya se hizo famosa vendiendo un queso que ella misma realizaba “el queso Goya” cuya receta original fue perdiéndose con el tiempo. Es fácil imaginar que del sobrenombre de esta mujer derivó el nombre de la ciudad.
En 1806 se construyó la capilla y se la dedicó a nuestra Señora del Rosario cuya imagen fue traída al lugar por Doña Goya. Fue declarada villa en 1825 y se estructuró como puerto de embarque y llegada de carretas. Por las calles de ésta Villa transitaron su drama de amor Camila O’Gorman y Ladislao Gutierrez. El 7 de octubre de 1852 se la elevó al rango de ciudad, siendo gobernador Ferré. El puerto de buques quedó anulado por falta de calado suficiente.